La fase de conflicto es el periodo que sigue al despliegue, el momento del combate en que se libra la lucha. En esta fase es posible seleccionar a las unidades o barcos y darles órdenes, ya sea haciendo clic en el icono de unidad apropiado en el panel de batalla, o haciendo clic sobre la misma unidad o barco.
En el campo de batalla puedes usar las teclas W, A, S y D para mover la cámara y hacer clic izquierdo en las unidades o en sus iconos de unidad para seleccionarlas. Mueve la unidad seleccionada haciendo clic derecho en un lugar. Si haces clic derecho sobre un enemigo, darás una orden de ataque; si haces doble clic derecho, ordenarás a tu unidad que corra o cargue. Para tener una vista de todo el campo de batalla, usa el tabulador; también puedes pulsar el botón del mapa de tácticas.
Puedes aumentar o reducir la cantidad y la longitud de las filas de una unidad; para ello, mantén pulsado el botón derecho del ratón y arrástralo hasta conseguir la longitud y profundidad deseadas. Otra manera es mantener pulsada la tecla Ctrl y usar las teclas de dirección arriba o abajo hasta obtener el mismo resultado. Puedes mover toda la unidad por el campo de batalla sin tener que cambiar su forma; para ello, haz clic izquierdo y arrástrala hasta la ubicación deseada cuando el cursor haya cambiado a una cruz de movimiento. También puedes hacerlo con las teclas de dirección. Además, puedes hacer rotar una unidad, o grupo de unidades, sobre su eje central; para ello, mantén pulsado el botón izquierdo del ratón hasta que cambie el cursor, pulsa Ctrl y mueve el ratón, o usa las teclas de dirección, hasta que encuentres la orientación ideal.
Un ejército posicionado en un bosque podrá, a veces, tender una emboscada contra un enemigo que pase por allí. Si decides no tender la emboscada, el ejército enemigo pasará de largo sin detectar tu presencia. Si eliges atacar podrás dividir a tus tropas y apostarlas a ambos lados del camino y el ejército enemigo será desplegado en modalidad de marcha y no de combate. El ejército enemigo no podrá mover sus unidades hasta que comience la batalla, de modo que planifica el despliegue para provocar la máxima confusión y desorden. Si estás jugando a batallas en nivel de dificultad difícil o muy difícil y te tienden una emboscada, no podrás dar órdenes cuando la batalla esté en pausa.