Las batallas navales funcionan exactamente igual que las terrestres: el paisaje es ahora marino, cada barco representa una unidad y el combate es controlado con una interfaz de usuario muy similar a la usada en las batallas terrestres. Aunque en la época histórica descrita en Total War™: ROME II, las batallas marinas consistían en dispararse proyectiles y acercarse a otro barco para intentar abordarlo para, después, iniciar un combate cuerpo a cuerpo, cargar contra otra embarcación también era una táctica viable en aquel tiempo.
Durante un abordaje, la tripulación de un barco intentará derrotar a la del otro usando el ataque de cuerpo a cuerpo con el apoyo de tropas de proyectiles. Con tu propio barco seleccionado, haz clic en el botón de abordaje y selecciona un navío para ordenar a tu barco que se acerque a aquel y envíe un a un grupo de hombres armados para capturarlo. Los abordajes pueden requerir un alto nivel de habilidades y de coraje en las tropas que toman parte. Puede cancelarse en cualquier momento al emitir una contraorden.