La moral es la medida de la confianza de una unidad y de su estado de ánimo durante una batalla. Es durante los ataques cuerpo a cuerpo prolongados cuando la moral de los hombres se pone a prueba. Estos romperán la formación y huirán si su moral desciende demasiado. Esto se ve indicado por el color de la barra encima del estandarte de cada unidad; cuando está verde significa que la moral está intacta, pasará al amarillo cuando la moral baje, y cuando se vuelva roja significará que la unidad está vacilante y a punto de huir. La mera presencia del general puede mejorar la moral. Las unidades de élite con una excelente instrucción cuentan con una moral mucho más fuerte desde el principio. Los héroes también mejorarán la moral de las unidades que los rodean solo con su presencia. Los generales también pueden agrupar a sus hombres de manera más eficaz si usan sus habilidades especiales de reagrupar, inspirar y animar.
Cuando decaiga la moral de una unidad o de la tripulación de un barco, debido a las bajas o la fatiga, o porque tenga que enfrentarse a demasiados enemigos, esta huirá; dejará de luchar y empezará a abandonar el campo de batalla. Hay una posibilidad de volver a reagruparla, bien con la sola presencia del general, bien usando su habilidad de reagrupar.
Existe la posibilidad de que una unidad pueda ser persuadida para continuar en batalla gracias a la habilidad de reagrupar del general. Para reagrupar, haz clic en la habilidad de reagrupar con el general seleccionado. Las unidades deben estar en el radio de acción del general para que esta surta efecto. Las unidades cuya moral esté "destrozada" no responderán a la orden de reagrupar.
Si matan a un general en batalla mientras las unidades o barcos están huyendo su moral quedará "destrozada", lo que quiere decir que no se podrán volver a reagrupar desde ese momento. Cualquier unidad o barco que huya, una vez que muera el general, verá su moral "destrozada"; ni la presencia de un general con menos experiencia podrá evitar esto. La moral de los ejércitos y flotas que se desplieguen sin un general quedará "destrozada" si se les obliga a huir.