Přirozené ztráty představují vojáky ztracené v důsledku dezerce, nemocí apod. Armáda obvykle utrpí přirozené ztráty v poušti nebo v extrémně chladném podnebí, pokud vojáci nepocházejí z dané části světa. Také posádky lodí a armády převážené na lodi mohou v hlubokých vodách utrpět přirozené ztráty.
Armáda, která ztratila vojáky nebo utrpěla přirozené ztráty, potřebuje pro doplnění stavů čerstvé rekruty. Nachází-li se na přátelském území, doplní se jednotky automaticky. Čím blíže je oblasti s čerstvými rekruty, tím rychleji i toto doplňování probíhá. Pokud se jednotky nedoplňují, je to buď proto, že se armáda nachází v nepřátelské provincii, nebo v oblasti způsobující přirozené ztráty. Rychlost doplňování jednotek se dá zvýšit tím, že postava velitele k sobě získá určité členy doprovodu nebo předměty.