Morálka je měřítkem sebevědomí a bojového ducha jednotek v bitvě. Během dlouhého, vleklého boje zblízka je morálka vojáků vystavena těžké zkoušce, a pokud poklesne příliš, zlomí se a vojáci zběhnou z bojiště. Ukazuje to barevný sloupec v horní části praporu každé jednotky; dokud je zelený, je morálka dobrá, pokud zežloutne, má jednotka postih na morálku, a když zčervená, morálka kolísá a jednotka se může každou chvíli zlomit a zběhnout. Přítomnost velitele zvyšuje morálku už sama o sobě a dobře vycvičené elitní jednotky mají mnohem vyšší morálku už v základu. Také hrdinové zvyšují morálku spolubojovníků ve svém okolí už pouhou svou přítomností. Velitelé mohou zvedat morálku svých vojáků i mnohem účinněji pomocí speciálních schopností přeskupit pozici, inspirace a povzbuzení.
Posádka lodi, která má podlomenou morálku v důsledku ztrát na životech, únavy nebo protože musí čelit příliš velké přesile protivníka, se pokusí zběhnout – odpoutá se z boje a zahájí ústup z bojiště. Existuje určitá šance, že se prchající jednotku podaří znovu sešikovat, buď díky vlivu přítomného velitele, nebo pomocí jeho schopnosti sešikovat jednotky.
Jednotku, která se snaží zběhnout z bojiště, lze s určitou pravděpodobností přesvědčit, aby v bitvě zůstala, pomocí velitelovy schopnosti znovu jednotky sešikovat. Když chceš shromáždit prchající vojáky, klikni na tlačítko schopnosti "sešikovat" u vybraného velitele. Zběhové musí být v dosahu velitelova vlivu, jinak nebude mít jeho schopnost žádný účinek. Jednotky s podlomenou morálkou nebudou rozkazům, aby se znovu sešikovaly, věnovat pozornost.
Pokud v bitvě zabijí velitele, všechny jednotky nebo lodě, které se právě pokoušely zběhnout z boje, budou automaticky rozprášeny; už je nebude možné znovu sešikovat. Všechny jednotky nebo lodě, které zběhnou z boje po smrti velitele, budou automaticky rozprášeny. Nemůže tomu zabránit ani přítomnost velitele s nižší hodností. Armády nebo flotily, které budou do boje nasazeny bez přítomnosti velícího velitele, budou vždy rozprášeny, pokud se pokusí zběhnout z bojiště.