Námořní bitvy probíhají úplně stejně jako bitvy na souši: bojištěm je moře, jednotky jsou nahrazeny jednotlivými loděmi a boj se řídí v zásadě pomocí stejného uživatelského rozhraní jako u pozemních bitev. V historickém období, kterému je hra TOTAL WAR: Rome II věnována, se námořní bitvy skládaly ze vzájemného ostřelování šípy, pak lodě připluly blíž k sobě, aby se mohly posádky nalodit na cizí palubu a střetnout se v boji tváří v tvář; také taranování byla účinná bojová taktika.
Při vylodění na cizí plavidlo se posádka jedné lodě snaží zmocnit cizí lodě kombinací jednotek pro boj zblízka a střelecké podpory. Vyber svou loď, klikni na tlačítko pro vylodění a pak vyber cílové plavidlo, připluj s lodí blízko k němu a pošli skupinu vojenských jednotek na palubu, aby ho zabrala. Vylodění na cizí plavidlo vyžaduje od jednotek, které ho provádí, velké schopnosti a spoustu odvahy, ale dá se kdykoli zrušit, když vydáš lodi jiný rozkaz.