Seegefechte funktionieren genau wie Landgefechte: Das Schlachtfeld ist eine Seelandschaft, einzelne Schiffe ersetzen Einheiten und das Kampfgeschehen wird wie auch an Land über die gleiche Benutzeroberfläche kontrolliert. Während der Geschichtsepoche, in der Total War: ROME II spielt, bestanden Gefechte zur See aus dem Feuern von Feuerpfeilen, gefolgt vom Annähern zum Entern und Nahkampf, und auch Rammen war eine beliebte Kampftaktik.
Bei einer Enteraktion versucht die Besatzung des einen Schiffs, das andere mit einer Kombination aus Nahkampf und Geschosstruppen einzunehmen. Klickt bei ausgewähltem Schiff auf das Entern-Feld und wählt dann das Schiff, dem es sich nähern und zu dem schließlich bewaffnete Männer geschickt werden sollen, um es zu erobern. Enteraktionen verlangen von den beteiligten Truppen gute Fähigkeiten und Mut und können jederzeit durch einen widersprechenden Befehl abgebrochen werden.