Bitwy morskie rozgrywane są tak samo jak lądowe: polem bitwy jest obszar na morzu, jednostki są zastąpione okrętami, ale interfejs pozostaje praktycznie bez zmian. W okresie historycznym, w którym toczy się akcja TOTAL WAR: Rome II, walka na morzu polegała na ostrzelaniu wroga, po czym następował abordaż i walka wręcz, choć możliwe było także taranowanie.
Podczas abordażu załoga jednego okrętu podejmie próbę przejęcia drugiego poprzez kombinację walki wręcz i ostrzału. Po wybraniu jednego z twoich okrętów kliknij ikonę abordażu i wybierz cel, aby rozkazać flocie podpłynięcie i wysłanie na pokład grupy zbrojnej. Abordaż wymaga od uczestników kunsztu i odwagi, w każdej chwili można się też wycofać poprzez wydanie innego rozkazu.