Pour gagner le contrôle d'une colonie fortifiée possédant une garnison, il est souvent nécessaire d'en faire le siège. Pendant un siège, vos troupes l'entourent, soit pour essayer d'affamer les défenseurs et les pousser à la capitulation, soit pour lancer un assaut direct utilisant des engins de siège (dont l'artillerie, les béliers ou les tours.) La force assiégée peut aussi choisir de sortir pour vous affronter sur le champ de bataille, mais n'oubliez pas que les vaincre ne débouchera pas forcément sur la capitulation de la colonie. Remporter un siège permet à votre faction de s'emparer de la province. Un certain nombre d'options s'offriront alors à vous. Détaillées ci-dessous, elles comportent leur lot de pénalités. Vous aurez aussi des problèmes d'ordre public si le nouveau propriétaire d'une région est d'une culture différente de celle du peuple indigène.
Les unités d'artillerie de siège, telles que les onagres, peuvent être recrutées de la même manière que les autres unités. Cependant, les engins de siège sont construits sur place et déployés lors de l'assaut d'une colonie. Cela peut prendre plusieurs tours avant qu'ils ne puissent être utilisés pour une attaque. Allant de simples béliers à d'imposantes tours, ils se connectent directement aux murs ennemis mais sont lourds, lents à manœuvrer et vulnérables aux attaques. Ainsi, il est recommandé de les escorter au cas où l'ennemi sortirait à la rencontre de ses assaillants.
Tandis que vos armées protègent les régions menacées, vos colonies ont leurs propres garnisons locales afin d'agir comme forces de défenses rudimentaires. Ces hommes sont placés dans une colonie et ne peuvent pas quitter leur poste afin de rejoindre vos armées dans la campagne. Les types de troupes de garnison disponibles dépendent du bâtiment construit dans une colonie particulière. À l'inverse de la plupart des soldats compétents, les garnisons qui défendent contre les forces assiégeantes développeront force et expérience avec le temps. Les ports disposent d'une flotte de garnison équivalente pour protéger des raids et des blocus navals.
Si vous choisissez d'encercler (petite colonie) ou de maintenir le siège (grande colonie) lorsque vous attaquez, vos forces n'engageront pas le combat mais useront l'ennemi jusqu'à ce qu'il tente de rompre le siège ou qu'il se rende à cause de la famine. Vous pouvez voir le nombre de tours avant la reddition dans le coin en bas à gauche de la fenêtre de siège. Une fois que vous avez choisi d'encercler ou de maintenir le siège, vous pouvez le lever à tout moment.
Si une colonie assiégée dispose d'un port, la population peut continuer à recevoir des ressources limitées en provenance de l'extérieur. Cela double le temps que la colonie mettra avant de se rendre. Si vous bloquez également le port, elle se rendra beaucoup plus vite à cause de la famine.
Après la conquête d'une région il existera toujours un degré d'agitation en réponse au changement de dirigeant, surtout s'il appartient à une autre culture. C'est la « résistance à l'occupation ». Elle décline avec le temps, mais ne disparaît jamais totalement, il est donc sage de laisser une garnison suffisante en place et de gérer convenablement l'imposition.
Cette option n'est pas disponible si vous incarnez une faction barbare. Votre force pénètre dans la colonie et décime tout sur son passage, endommageant des bâtiments et volant la populace. Le pillage entraîne une pénalité d'ordre public et les relations entre votre faction et les anciens propriétaires de la colonie sont dégradées. Toute personne capturée est automatiquement asservie.
Cette option n'est disponible que lorsque vous incarnez une faction barbare. Votre force pénètre dans la colonie et décime tout sur son passage, détruisant des bâtiments, volant et tuant la populace. Vous ne capturez pas la colonie, la laissant en ruines et inutilisable pour ses propriétaires qui rencontreront aussi des problèmes d'ordre public comme résultat de la mise à sac. Naturellement, les relations diplomatiques entre vous sont endommagées. Tous ceux capturés sont automatiquement tués.
Votre force ne peut libérer une colonie que si la faction libérée était le propriétaire initial de la colonie et de la région au début de la campagne, et a été depuis détruite. Elle reprend le contrôle de la colonie, tous les captifs sont relâchés et les relations diplomatiques entre vous deviennent très amicales.