Les batailles navales se disputent de la même manière que les batailles terrestres : la mer fait office de champ de bataille, des navires remplacent les unités et le combat se contrôle essentiellement avec la même interface d'utilisateur que lors d'un combat sur la terre ferme. Durant la période que couvre Total War: ROME II, combattre en mer signifiait tirer des flèches puis s'approcher afin de passer à l'abordage et la mêlée. Foncer dans la coque était une autre tactique efficace.
Durant un abordage, l'équipage de l'un des navires tentera de s'emparer de l'autre avec une combinaison de mêlée et de renforts des troupes lance-projectiles. Sélectionnez votre propre navire, cliquez sur le bouton Abordage et choisissez le navire duquel se rapprocher pour y envoyer un groupe armé en vue de sa capture. Les actions d'abordage demandent une grande dextérité et beaucoup de courage de la part des troupes concernées et peuvent être annulées à tout moment en donnant un ordre contradictoire.