La phase de conflit fait suite au déploiement. C'est alors que la bataille prend place. Lors de cette phase, vous pouvez sélectionner vos unités ou vos navires et leur donner des ordres, soit en cliquant sur la vignette de l'unité en question sur la barre des unités au combat, soit en cliquant directement sur l'unité ou le navire.
Sur le champ de bataille, vous pouvez déplacer la caméra avec les touches Z, Q, S et D et faire un clic gauche sur les unités ou leurs vignettes pour les sélectionner. Déplacez une unité sélectionnée en faisant un clic droit sur un endroit. Faire un clic droit sur un ennemi donne l'ordre d'attaquer alors que double-cliquer fera courir ou charger votre unité. Pour obtenir une vue d'ensemble du champ de bataille, utilisez la touche Tabulation ou cliquez sur l'icône de carte tactique.
Il est possible d'augmenter ou de réduire la longueur de rang d'une unité en maintenant le bouton droit de la souris et en faisant glisser jusqu'à atteindre la largeur et la profondeur désirée. Alternativement, maintenez la touche Ctrl et utilisez les flèches haut ou bas. L'unité entière peut être déplacée sur le champ de bataille sans modifier sa forme en faisant un clic droit et en la faisant glisser à l'endroit désiré une fois que le curseur s'est transformé en croix. Les flèches du clavier donnent le même résultat. Vous pouvez également faire pivoter une unité ou un groupe d'unités autour d'un axe central en maintenant le bouton gauche de la souris jusqu'à ce que le curseur change, en appuyant sur Ctrl et en déplaçant la souris, ou bien avec les flèches gauche et droite jusqu'à trouver l'orientation idéale.
Une armée positionnée dans une forêt peut parfois effectuer une embuscade contre un ennemi de passage. Si vous décider de ne pas faire d'embuscade, l'armée passera sans s'alerter de votre présence. Si vous choisissez d'attaquer, vos forces pourront se séparer de chaque côté de la route et la force ennemi se déploiera en ordre de marche, plutôt qu'en ordre de combat. L'armée ennemie ne pourra déplacer ses unités avant le début de la bataille alors déployez-vous ingénieusement pour causer un maximum de confusion et de désordre. En outre, si vous faites des batailles en difficile ou très difficile et que vous tombez dans une embuscade, vous ne pourrez pas donner d'ordre si vous mettez la partie en pause.